Para quem tem o interesse de saber como é a morfologia deste parasita, o T. vaginalis é uma célula polimorfa tanto no hospedeiro natural como em meios de cultura. Os espécimes vivos são elipsóides ou ovais e algumas vezes esféricos. Este parasita é um protozoário e tem a capacidade de foramar pseudópodes, que são usados para capturar os alimentos e fixar em partículas sólidas. Não possui forma cística, somente trofozoítica. Esta espécie possui quatro flagelos anteriores livres, desiguais em tamanho e se originam no complexo granular basal anterior, também chamado de complexo citossomal.A membrana ondulante e a costa nascem no complexo granular basal . A margem livre da membrana consiste em um filamento acessório fixado ao flagelo recorrente. A extremidade posterior da costa é usualmente encoberta pelo segmento terminal da membrana ondulante. O axóstilo é uma estrutura rígida e hialina que se projeta através do centro do organismo, prolongando-se até a extremidade posterior e conecta-se anteriormente a uma pequena estrutura em forma de crescente, a pelta.
